Животный мир Японии относится к Китайско-гималайской подобласти Голарктической фаунистической области и насчитывает 270 видов млекопитающих, 800 видов птиц, 110 видов пресмыкающихся. Из-за островной изоляции она несколько обеднена (по сравнению с фауной соседних территорий Восточной Азии), а общие виды животных представлены в ней местными, более мелкими формами. Большинство представителей японской фауны приспособлены к условиям жизни в горных лесах, среди них много реликтовых и эндемичных видов.
Из млекопитающих здесь водятся, например, японский медведь, коротконогий волк, местный вид оленя, японская горная антилопа, японский кабан, лисица, барсук, куница, хорек, белка и др.
Среди пернатых наиболее многочисленны и разнообразны перелетные и морские птицы — чайки, утиные, чистиковые. В некоторых районах Японии имеются обширные гнездовья журавлей, аистов, цапель.
В реках и озерах Японии обитают карп, карась, форель и другие виды рыб, многие из которых имеют промысловое значение. Очень своеобразна фауна омывающих Японию морей и океана, в которых водится более 600 видов рыб (в том числе тунец, сардина, кета, горбуша и др.) и 1200 видов моллюсков (осьминоги, жемчужницы, устрицы и др.), иглокожие, ракообразные, млекопитающие.
Наряду с видами, встречающимися на всей территории страны (к ним относятся, в частности, волк, лисица, заяц, енотовидная собака и др.), в Японии имеется немало видов с более ограниченным ареалом. Естественным рубежом распространения для многих из них служит пролив Цугару (Сан-гарский) − граница Сибирской и Маньчжурской фаунистических подзон. Так, южнее него, в Маньчжурскую подзону, не проникают такие виды, как бурый медведь, соболь, ласка, обитающие в Японии только на о-ве Хоккайдо, а севернее, в Сибирской подзоне, не встречаются черный медведь, японский макак, исполинская саламандра.
