Этническая история населения Японских островов восходит к тому времени, когда самих японцев еще не существовало.
В формировании японской народности можно выделить пять этнических компонентов: айнский, индонезийский, древний восточноазиатский, корейский и китайский.
Предметы материальной культуры эпохи Дзёмон (с XI−III тысячелетии до н.э. до середины I тысячелетия до н. э.), с которой в соответствии с японской историографией начинается предыстория Японии, дают основания предполагать, что древнейшее население Японского архипелага в основной своей массе пришло из Юго-Восточной Азии. Путь его миграции, очевидно, пролегал через о-ва Филиппинского архипелаг и архипелага Рюкю (о-в Окинава). По своему физическому типу представители этих племен более всего напоминали современных айнов. Таким образом, самыми древними жителями Японии, создавшими неолитическую культуру Дзёмон, очевидно, были протоайнские племена. За ними во II тысячелетии примерно из тех же районов и по тому же пути мигрировали племена южномонголоидного типа, этнически близкие современному населению.
К I тысячелетию до н. э. сложился определенный этнический состав населения Японских островов. Его основу составляли айны, занимавшиеся охотой, речным рыбным промыслом, лесным и прибрежным собирательством. На севере, на о-ве Хоккайдо, к ним добавились охотники и рыболовы эскимосско-алеутской этнической группы, которые затем полностью растворились в айнском населении, на юге (о-ва Кюсю, Сикоку и Хонсю) айны ассимилировались с аустронезийскими племенами, которые уже были знакомы с примитивным земледелием.
В середине I тысячелетия (конец эпохи Дзёмон и начало эпохи Яёй) на Японские о-ва через Корейский полуостров устремился поток прото-японских племен из районов Юго-Востока Китая. Эти племена уже знали бронзовые орудия, однако пользовались в основном каменными. С ними пришли культура поливного риса и скотоводство. Вплоть до IV в. н. э. на Японских островах шел процесс культурного развития протояпонских племен, а также происходили смешение и ассимиляция с местным аустронезийско-айнским населением и формирование японской народности.
Жителей государства Ямато (III − начало VI в.) в этническом отношении можно считать японцами. Их физический облик был уже близок современному. Они занимались земледелием; на их домашний быт и мифологию оказали влияние в основном пришельцы из Юго-Восточной Азии, что особенно сказалось на внешнем облике японского жилища. Влияние китайской и корейской культуры в наибольшей степени проявилось в V−VI вв., когда на Японских островах появились иероглифическая письменность, буддизм и т.д. Параллельно шло переселение из этих стран монахов, ремесленников, ученых, которые ассимилировались с местным населением. В VIII в. окончательно сложилась японская народность, полностью поглотив на юге остатки аустронезийцев, и началась ассимиляция переселенцев на севере о-ва Лонсю с айнским населением.
Этнически состав современной Японии очень однороден 99% его составляют японцы. Аборигенов Японских острвов − айнов, живущих на о-ве Хоккайдо, насчитывается всего 20 тыс. В результате колонизации этого острова в последней трети XIX в. и миграции туда японцев айны потеряли лучшие земли. В настоящее время они живут замкнутыми деревнями, занимаются земледелием, животноводством, нанимаются на рыбные промыслы. Лишь старшее поколение айнов сохраняет свой язык и культуру. В Японии также проживает около 600 тыс. корейцев, переселенных в основном в довоенный период в качестве рабочей силы и не имеющих права гражданства и 50 тыс. китайцев, которые обычно живут в специальных кварталах больших городов, занимаются торговлей и мелким предпринимательством. Американцы и европейцы (2−3 десятка тысяч человек) считаются, как правило, временными жителями.
