Флора Японии относится к Восточноазиатской области Голарктического флористического царства. Она насчитывает свыше 700 видов древесно-кустарниковых и 3000 видов травянистых растений. Среди них немало реликтовых видов − представителей дочетвертидной флоры, а также эндемиков.
Территория Японских островов географически относится к лесным зонам умеренного и субтропического поясов (о-ва Рюкю − тропического пояса). В настоящее время леса и кустарники занимают 25,6 млн га, или 67% территории Японии. Естественных лугов в стране, за исключением некоторых районов о-ва Хоккайдо, практически не сохранилось. Луга и пастбища составляют лишь 3,9% территории Японии. Характер лесов последовательно изменяется с севера на юг в соответствии с климатическими зонами. На о-ве Хоккайдо преобладают хвойные леса из ели и пихты с подлеском из бамбука, в южных районах о-ва Хоккайдо и северной части о-ва Хонсю они постепенно замещаются лесами из листопадных широколиственных пород (дуба, бука, клена), а также криптомерии японской, кипарисов (рода Chamaecyperus): пихты, различных сосен. Для юга о-ва Хонсю и северной части о-вов Кюсю и Сикоку типичны вечнозеленые широколиственные леса, в которых распространены такие виды деревьев, как дуб зубчатый (Quercus dentata), магнолия японская, сосна Тунберга (на побережье). На крайнем юге о-ва Кюсю и на о-вах Рюкю произрастают субтропические леса из вечнозеленых дубов, камфорных деревьев, магнолий и камелий, восковых и лаковых деревьев, бамбука. Встречаются в них и тропические виды: саговая пальма (Cycas revoluta), банановые. В японских лесах нередко соседствуют виды, характерные для различных климатических зон (напр., таежные виды с субтропическими).
